Gracias a que el gobierno somalí puso a disposición un terreno adecuado en Mogadiscio, la capital del país, esta localidad fue elegida como sede de la primera Aldea Infantil SOS del país que también cuenta con un Jardín de Infancia SOS anexo. La Aldea Infantil SOS Mogadiscio está ubicada en Waharadde Estate, a unos 9 kilómetros del centro de la ciudad y consta de 12 casas familiares, una casa para el director de la aldea, un área administrativa y de servicios, una casa para invitados, otra para las tías SOS (ayudantes de las madres SOS en su trabajo diario o futuras madres SOS en formación, y que las reemplazan si están enfermas o tienen que salir), un campo de deportes y un taller.
El Jardín de Infancia SOS, que tiene capacidad para 120 niños tanto de la aldea como de los alrededores, cuenta con cuatro aulas, una cocina, un parque infantil y algunas salas anexas. Una vez que los jóvenes SOS alcanzan cierta edad, se mudan normalmente al Hogar Juvenil SOS, que abrió sus puertas en 1994. Dicho traslado significa para los jóvenes asumir un mayor grado de responsabilidad propia ya que viven en el hogar juvenil de una manera relativamente independiente y solo son supervisados por un tutor. Los jóvenes permanecen en él durante un promedio de cuatro años, no obstante, si estudian en la universidad, pueden quedarse más tiempo.