Cuando Hermann Gmeiner, fundador de Aldeas Infantiles SOS visitó Bolivia en 1968, la religiosa austríaca Consolata Winkler se dirigió a él para pedirle que se hiciera cargo del orfanato "Gota de Leche" y que lo transformara en una Aldea Infantil SOS. El orfanato estaba situado en Cochabamba, la tercera ciudad más grande del país, y había sido fundado por las Hermanas Docentes de Hallein a principios del siglo XX. Gmeiner aprobó esta propuesta y ese mismo año se reestructuró la institución, tomándose las primeras medidas para la reconstrucción.
Actualmente, la Aldea Infantil SOS Cochabamba-Jordán comprende, además de 10 casas familiares, un jardín de infancia, varios Hogares Juveniles SOS, así como un centro de Formación Profesional SOS en la rama elaboración de productos alimenticios.
El tiempo transcurrido entre 1964 y principios de los años ochenta vino marcado por numerosos Golpes de Estado, que acarrearon una gran pobreza y miseria social; los más perjudicados fueron los más débiles de la población, los niños. Por eso, SOS-Kinderdorf International tomó la decisión de construir más Aldeas Infantiles SOS con Jardines de Infancia SOS anexos. En 1975 abrió sus puertas el primer Hogar Juvenil SOS en Cochabamba, donde los jóvenes pueden preparase para una vida independiente.
Debido al alto índice de analfabetos existente en Bolivia, se crearon Escuelas SOS Hermann Gmeiner y Centros de Formación Profesional SOS que están a disposición tanto de los niños de la Aldea Infantil SOS como de los niños y jóvenes de los alrededores. Los Centros Sociales SOS, que empezaron a construirse en 1988, ofrecen cuidado durante todo el día, así como asistencia médica, a los niños de los padres del vecindario que trabajan, con el objetivo de apoyar a las familias y ayudarles a mejorar su situación.
El 22 de mayo de 1998 fuertes terremotos sacudieron el departamento de Cochabamba. Muchas personas perdieron sus hogares y necesitaban ayuda urgentemente. Aldeas Infantiles SOS Bolivia reaccionó rápidamente y lanzó un Programa de Emergencia SOS, por el cual se repartieron alimentos, ropas, mantas y medicamentos en la región afectada. Seis Centros Sociales SOS provisionales se ocuparon de los niños, parte de ellos huérfanos, y apoyaron a las familias en la reconstrucción de sus casas.
En el año 2002 Aldeas Infantiles SOS inició un programa de fortalecimiento de familias cuyo objetivo son los niños que corren el peligro de ser separados de sus familias de origen, y asegurar su permanencia en ellas. Con el fin de cumplirlo, Aldeas Infantiles SOS trabaja directamente con las familias y sus comunidades para reforzar sus capacidades y que puedan atender y proteger a sus hijos de la mejor manera posible. Esta labor preventiva se realiza en cooperación con las autoridades locales y otras contrapartes sociales.
En febrero de 2008 de la provincia de Beni, miles de personas volvieron a sufrir fuertes precipitaciones con inundaciones y desprendimientos de tierras provocados por el fenómeno La Niña. Y al igual que Aldeas Infantiles SOS había hecho el año anterior, en esta ocasión la organización preparó centros para refugios de emergencia para los niños, para lo que también se usaron los centros comunitarios. Durante más de tres meses, los niños recibieron comidas y atención médica con regularidad, y en los centros se ofrecerán diversas actividades educativas. Al mismo tiempo, sus padres recibirán apoyo y asesoramiento; y sus comunidades se fomentarán para mostrarse solidarias y asuman responsabilidades en el proceso de vuelta a la normalidad. En caso necesario, los centros se mantendrían abiertos durante tres meses más.
Actualmente Bolivia cuenta con nueve Aldeas Infantiles SOS, en cada una de las cuales hay un Hogar Juvenil SOS, tres Escuelas SOS Hermann Gmeiner, cinco Centros de Formación Profesional SOS, y asimismo todos los emplazamientos bolivianos presentan un Centro Social SOS y un Programa de Ayuda de Emergencia SOS.